Целью программ Европейского территориального сотрудничества является продвижение сотрудничества между регионами и странами Европы, чтобы унифицировать и развивать жилую среду на территории Европейского союза.
Одновременно в более долгосрочной перспективе они помогают вкладывать в создание целостного внутреннего пространства Европы и интеграцию с учетом как внутренних, так и внешних границ. Программы трансграничного сотрудничества Европейской политики соседства являются одним из инструментов внешней политики ЕС. Целью его программ внешних границ различной направленности является развитие добрососедских отношений со странами–соседями ЕС через осознание европейских ценностей и решение общих проблем.

Программы на 2014-2020
Эстония участвует в семи программах, составленных на 2014-2020 годы: в 7 программах Европейского территориального сотрудничества и в 1 программе Европейского инструмента соседства. Программы делятся между собой как на основании результата сотрудничества, так и на основании возможностей: на программы трансграничного сотрудничества (Эстония‒Латвия, Центральный регион Балтийского моря и Эстония‒Россия), на программы межрегионального сотрудничества (INTERACT III, INTERREG Европа и URBACT III, ESPON) и программы международного сотрудничества, где Эстония участвует в программе Региона Балтийского моря.