Kohaliku omavalitsuse süsteem Eestis taastati 1990-ndate aastate alguses. Selle protsessi aluseks oli 1989.aastal vastvõetud Kohaliku omavalitsuse aluste seadus ja Ülemnõukogu otsus 1990-1994.a haldusreformi kohta. Lisaks omavalitsusliku staatuse omistamisele selle perioodi sisse mahub ka Jõhvi linna taasiseseisvumine ning veel jagunemise teel Kaiu, Kernu, Kiili, Kohtla-Nõmme, Saksi ja Torgu valdade tekkimine. Aastail 1990-1993 läbiviidud reformi põhieesmärgiks oli kohaliku demokraatia taasloomine ja arendamine.
Haldusterritoriaalse korralduse ning haldusüksuste piiride ja nime muutmise üldiseid alused sätestava Eesti territooriumi haldusjaotuse seaduse võttis Riigikogu vastu 1995. aastal.
Juba 1996. aastal toimus esimene vabatahtlik kohaliku omavalitsuse üksuste ühinemine. Senise Halinga ja Pärnu-Jaagupi valla baasil moodustati uus Halinga vald. Ühinemise stimuleerimiseks vald taotles soojalaenu kustutamist. Valitsus rahuldas taotluse ning valla võlg (2,2 milj krooni) kustutati.
1998. aastal leidis aset esimene ja seni viimane ühinemine valimistevahelisel perioodil. Senise Abja-Paluoja linna ja senise Abja valla ühinemise teel valimistevahelisel perioodil moodustati Abja vald. Muudatus jõustus uue Abja valla volikogu valimistulemuste väljakuulutamise päeval oktoobris 1998.
Vabariigi Valitsuse eraldas vallale ühinemisega seotud kulude katteks 827 000 krooni (sellest 27 000 valimiste läbiviimise kuludeks) ning 1999.a 2 000 000 krooni ühinemise toetamiseks vastavalt Vabariigi Valitsuse kehtestatud ühinemise toetamise põhimõtetele.
1999. aastal korraliste valimiste aastal 12 valla-linna ühinemise tagajärjel moodustusid uued omavalitsusüksused Otepää vald Lihula vald Vihula vald Karksi vald Kaarma vald Antsla vald.
Kohalike omavalitsusüksuste ühinemise toetamise põhimõtted kiideti heaks Vabariigi Valitsuse poolt 1999.a märtsis. Ühinemisega seotud toiminguteks võis saada vastavalt tehtud kulutustele, kuid mitte rohkem kui 400 000 krooni. Lisaks lubati eraldada raha arvestusega 1 miljon krooni iga ühinenud omavalitsusüksuse kohta. (Kokku 2,4 miljonit krooni uue KOV üksuse kohta).
Tegelikult peale nimetatud omavalitsusüksuste ühinemist 1999. aastal uus Vabariigi Valitsus, mitte see kes kehtestas toetamise põhimõtted, otsustas igale vallale eraldada Vabariigi Valitsuse reservfondist ainult 333 000 krooni ühinemise toetust. Siseministeeriumi ettepanekul 2000.a mais eraldati täiendavalt 666 000 krooni. Sellega igal 1999. aastal vabatahtlikult ühinenud omavalitsustel jäi saamata 1 401 000 krooni. See ei mõjunud stimuleerivalt ühinemise protsessile. Alles 2004.aastal Vabariigi Valitsuse eraldas nendele 6 KOV üksusele kokku 8 406 000 krooni millega lõpuks likvideeriti vana võlg täies mahus.
Kohaliku omavalitsuse süsteemi arenedes tõusid aga üha enam päevakorrale efektiivsuse küsimused. Vabariigi Valitsuse haldusreformi asjatundjate komisjoni poolt 1999.a töötati välja “Avaliku halduse arendamise alused”, 2000.a Siseministeeriumis valmis strateegia “Haldusreform kohaliku omavalitsuse valdkonnas”.
Konstateeriti, et kohaliku omavalitsuse valdkonnas nõuavad lahendamist valdade ja linnade efektiivsuse ja administratiivse suutlikkuse küsimused. Kohaliku omavalitsuse üksuste arv on liialt suur ning osa neist on liialt väikesed selleks, et tulemuslikult ja efektiivselt teostada omavalitsuslikku haldamist.
Vabariigi Valitsuse poolt 2001.a heaks kiidetud Vabariigi Valitsuse haldusreformi programm sätestas, et haldusreformi eesmärgiks on optimaalsete kulutuste juures saavutada kodanike huve ja õigusi arvestav, uuenduslik, paindlik, kvaliteetne ja mõjus avalike funktsioonide täitmine. Kohaliku omavalitsuse kui teenusepakkuja ja kohaliku demokraatia edendaja rollide kõrval on tähtsaks muutunud omavalitsuse kui sotsiaal-majandusliku kasvu toetaja roll. Sellise tegevuse mõjuala ületab oluliselt paljude tänaste omavalitsuste piire. Oluline on leida kohalikele elanikele vastuvõetav tasakaal kahe printsiibi – kogukondliku iseotsustamise ja mastaabiefektist tuleneva efektiivsuse – vahel.
Suurema eelarvemahuga kohaliku omavalitsuse üksused vastavad Euroopa Liidu struktuurifondide pikaajaliste programmide finantseerimise nõuetele.
Selle perioodi sisse mahuvad ka mitmed uuringud. Lembit Suve 1999.a uuringu „Vallad maaelu arengu näitajatena” nimest selgub selle sisu. Arenguprogrammide Keskuse EMI-ECO poolt Siseministeeriumi tellimusel 2001. aastal omavalitsusüksustes läbiviidud uuring näitas, et kõige suuremaks probleemiks peetakse ettevõtluse ja ettevõtlike inimeste puudust, elanikkonna passiivsust. 1999-2000. aastal Tartu Ülikooli ja Maailmapanga Eesti Missiooni vahel sõlmitud lepingu alusel TÜ Majanduse Instituudi poolt teostatud “Eesti kohalike omavalitsuste tulude baasi analüüsist” selgub, et täies ulatuses on võimeline elanikkonnale teenuseid tootma omavalitsus rahvaarvuga 6000 ja enam. Eesti Elukvaliteedi Keskuse poolt Siseministeeriumi tellimusel 2000. aastal teostatud uuring “Elukvaliteet ja halduskorraldus” näitas, et kohaliku infrastruktuuri asutusi võib viia isikust kaugemale, ilma et see mõjutaks elukvaliteeti kui samal ajal parandatakse transporditeenust.
Liitumise protsessist rääkides peab ka mainima, et 2001.a Vabariigi Valitsuse algatatud haldusterritoriaalse korralduse muutmine milleks oli tehtud väga palju organisatsioonilist tööd, ulatuslike uuringud, ettevalmistatud praktiliselt kõik vajalikud õigusaktide eelnõud lõppes poliitiliste lahkhelide tõttu.
Aga vaatamata sellele vabatahtlik ühinemine jätkus. 2002. aastal Kehra linn ja Anija vald, Rapla linn ja Rapla vald, Räpina linn ja Räpina vald, Kohila vald (alev) ja Kohila vald ning Märjamaa vald (alev), Märjamaa vald ja Loodna vald algatasid Eesti territooriumi haldusjaotuse seaduse § 9 alusel haldusterritoriaalse korralduse muutmise protsessi. Vastavate Vabariigi Valitsuse määrustega olid moodustatud uued omavalitsusüksused: Anija vald, Rapla vald, Räpina vald, Kohila vald ja Märjamaa vald.
Aprillis 2002.a muudeti Vabariigi Valitsuse määrust “Vabariigi Valitsuse reservist raha eraldamise ja selle kasutamise kord” täiendades seda peatükiga “Kohalike omavalitsusüksuste vabatahtliku ühinemise toetamine”. Selle kohaselt tehti Vabariigi Valitsuse reservist eraldisi sihtotstarbeliseks toetuseks volikogude algatusel ühinevatele kohalikele omavalitsusüksustele arvestusega 70 krooni uue moodustatava kohaliku omavalitsusüksuse iga elaniku kohta, kuid mitte rohkem kui 700 000 krooni omavalitsusüksuse kohta. Lisaks sellele eraldatakse haldusterritoriaalse korralduse muutmise käigus moodustatud kohalikule omavalitsusüksusele toetust arvestusega 300 krooni iga elaniku kohta, kuid mitte rohkem kui 3 000 000 krooni.
Vastavalt sellele Anija vald sai 2 412 770 krooni, Rapla vald - 3 676 320 krooni, Räpina vald - 2 212 230 krooni, Kohila vald - 2 262 180 krooni ning Märjamaa vald - 2 884 890 krooni.
2004. aastal riik otsustas täpsemini reguleerida ühinemise soodustamise põhimõtteid ja tingimusi, täpsustada ühinemise õiguslike aluseid ning kehtestada toetuste eraldamise kord. Võeti vastu Kohaliku omavalitsuse üksuste ühinemise soodustamise seadus.
Seadustati ühinemislepingu mõiste ja lepingu koostamise reeglid. Fikseeriti, et ühinemise tulemusel moodustunud kohaliku omavalitsuse üksus peab tagama valla või linna elanikele avalike teenuste kättesaadavuse ja kvaliteedi vähemalt samal tasemel, mis oli enne omavalitsusüksuste ühinemist. Pandi paika rahastamise reeglid. Ühinemistoetus arvutatakse iga ühinenud omavalitsusüksuse kohta eraldi arvestusega 500 krooni ühinenud kohaliku omavalitsuse üksuse elaniku kohta ning see ei või olla väiksem kui 1 500 000 ja suurem kui 3 000 000 krooni vastava kohaliku omavalitsuse üksuse kohta. Kui ühinemise käigus moodustunud kohaliku omavalitsuse üksuse kohta ühinemise aastale järgneval aastal riigieelarvest eraldatav toetus on väiksem, võrreldes toetuste summaga, mida oleksid ühinenud omavalitsusüksused saanud samadel tingimustel eraldiseisvatena, siis ühinemise aastale järgneva nelja aasta jooksul kompenseeritakse riigieelarvest eraldatava toetuse vähenemine täies mahus.
Peale 2005.a. 16. oktoobril toimunuid kohaliku omavalitsuse volikogude valimistulemuste väljakuulutamist jäi Eesti haldusterritoriaalsele kaardile alles 227 kohaliku omavalitsuse üksust, neist 33 linna ja 194 valda.
Ühinemise tulemusena 22 valla-linna baasil moodustus kaheksa uut valda: Jõhvi, Kuusalu, Saarde, Suure-Jaani, Tamsalu, Tapa, Türi ja Väike-Maarja; kuuest senisest linnast –Jõhvi, Kilingi-Nõmme, Tamsalu, Tapa, Türi ja Suure-Jaani – sai vallasisene linn.
2005. aasta kohaliku omavalitsuse ühinemiste iseloomustamiseks võib kokkuvõtvalt nentida, et kõigi kaheksa moodustuva valla puhul on tegemist tegelikkuses toimiva elukorralduse korrektse juriidilise vormistamisega, milleni on jõutud pärast pikaajalist koostööd ja igakülgselt kaalutud otsuseid. See järeldub ka Siseministeeriumile esitatud ühinemislepingutele lisatud seletuskirjadest ja asjaomaste maavanemate arvamustest.
2009.a kohaliku omavalitsuse volikogude valimiste järel jäi Eesti territooriumi haldusjaotuse kaart vähemaks ühe kohaliku omavalitsuse võrra: Kaisma vald liitus Vändra vallaga ja alles jäi Vändra vald.
Kokkuvõtteks on vahemikus 1996-2009 toimunud 51 valla-linna ühinemist, mille käigus moodustus 22 uut kohaliku omavalitsuse üksust. Vabatahtliku ühinemise soodustamine jätkub. Uue Põhiseaduse redaktsiooniga kooskõlla viidud kohaliku omavalitsuse volikogu valimise seadus annab võimaluse ühineda ka valimistevahelisel perioodil.